パソコンエリアで初期表示するフォルダを変更することはできますか？

任意のフォルダを指定することはできません。
●WindowsXPを利用されている方は、
C:\Documents and Settings\PCのログインユーザ名\Application Data\WebFTP
が表示されます。
●WindowsVistaもしくはWindows7を利用されている方は、
C:\Users\PCのログインユーザ名\AppData\LocalLow\WebFTP
が表示されます。
※WindowsVistaもしくはWindows7に関しては仕様により上記フォルダより上の階層に移動することはできません。