自分で用意したCGIについて、CGI確認用サーバで確認をしたのですが、問題なく動作しました。他にやらなければならないことはありますか？

特に必要な作業はありません。

確認のためにFTP許可設定を変更している場合は、元の設定に戻していただくと安全にご利用いただけます。