個人ホームページサーバエリアに表示されているhtmlファイルや画像ファイルなどのパーミッションを変更することはできますか？

WebFTPの仕様によりパーミッションの変更はできません。
パソコンエリアからファイルをアップロードする際、WebFTPが自動的にパーミッションを
『644(rw-r--r--)』にします。

パーミッションを変更するには、一般的なFTPクライアントソフトをご利用ください。
詳しくは、FTPについてをご覧ください。